HHKBで右◇を右Ctrlに設定する。

~/.Xmodmapに以下を記述する。

keycode 100 = Control_R
add control = Control_R

次いで、以下のコマンドで有効化する。

$ xmodmap ~/.Xmodmap

参考：HHKBで右ALTを使用可能にする。